水質指紋污染溯源技術是一項水生態環境監管新技術，其創新性的將刑偵中利用指紋查找嫌疑犯的思路引入水環境監管當中，利用三維熒光技術，形成每種水樣特有的三維熒光光譜，類似于每個人都有屬于自己獨一無二的指紋，不同水樣的三維熒光光譜會隨水中污染物種類和含量不同而變化，并且具有與污染源一一對應的特點，故稱為水質指紋。

通過水質指紋比對可以實現“直接快速精準識別污染源”。比如，企業廢水或生活污水的水質指紋與未受污染的水體水質指紋有著顯著差異，可以用來判斷水體是否被污染；不同行業產生的廢水水質指紋存在明顯差異，同一行業不同企業排水的水質指紋也存在明顯區別，可以通過水質指紋比對來識別污染源頭。

2022年9月，濰坊市生態環境局昌樂分局建設了水污染預警溯源系統，在污水處理廠設置水污染預警溯源自動監測站，對污水處理廠進水進行實時監測。同時，對轄區內涉水企業廢水進行采樣分析，收集企業污水水質指紋信息，建立涉水企業水質指紋數據庫。該技術投入使用后，將與現有的“企業污水總排口-污水處理廠入河排污口-河流斷面”多級水質自動在線監控等智慧化監管手段密切配合，對企業排水水質、河流水質進行實時監控，對異常水質快速預警和污染類型快速診斷，幫助精準識別出重點污染區域以及主要污染來源，將傳統執法模式“污染偶然發現→污染源逐一排查→執法”轉變為“污染實時發現→污染源精準排查→快速執法”的高效模式，不斷提升監管部門水污染應急監測和溯源能力。

2022年10月，昌樂分局首次將該項技術應用于河流水中污染物的溯源排查，通過對河流斷面、河道內某處雨水排放口排水進行采樣分析，識別出河流污染物主要來源為該處雨水排放口異常排放的生活污水，結合現場排查工作，溯源出污染原因為降雨導致居民小區生活污水管網污水溢流至雨水管網中，造成河流污染物濃度升高，引起自動在線監控設施超標告警。